Dépistage du #Coronavirus : l'Académie de Médecine veut mettre à l'épreuve les tests salivaires

La diminution, depuis plusieurs semaines, du nombre de consultations médicales pour suspicion de Covid-19, le taux d’occupation à l’hôpital des lits de réanimation qui est récemment passé sous la barre symbolique de 700 (682 le 23 juin) et le maintien d’un coefficient R0 inférieur à 1 dans la majorité des régions, confirment la fin de la poussée épidémique. Toutefois, le virus circule toujours et une résurgence est possible d’ici quelques semaines à quelques mois. La situation actuelle en Chine, en Inde ou au Portugal incite à la vigilance et à se donner les moyens de détecter au plus vite toute reprise épidémique.

La stratégie actuelle de surveillance repose sur la détection des nouveaux foyers et la recherche des cas contacts par des tests RT-PCR sur prélèvements rhinopharyngés.

Cette stratégie, décalée dans le temps par rapport à une recrudescence de la circulation du virus, est efficace tant que le nombre de nouveaux foyers reste limité.

Une approche complémentaire serait de faire des tests virologiques sur des échantillons représentatifs de la population de chaque département, de façon itérative. Cela permettrait de connaître le niveau de circulation du virus au jour des prélèvements et donc de réagir plus vite.

Toutefois, les prélèvements rhinopharyngés présentent des inconvénients : ils nécessitent du matériel dédié et du personnel qualifié pour le pratiquer correctement. Ils sont désagréables, voire douloureux pour le patient, d’où l’éventualité de refus de se faire tester par les personnes qui n’en ressentent pas le besoin.

L’alternative est le recueil de salive ou de crachats, qui élimine les inconvénients du prélèvement rhinopharyngé.

L’analyse de la littérature montre que :

– selon certaines études, le virus serait présent dans la salive en quantité moindre que dans l’écouvillonnage rhinopharyngé, encore que cette notion mériterait d’être précisée en tenant compte des différences de protocoles ;

– les deux modes de prélèvements donnent des résultats concordants pour la majorité des cas positifs et environ 20 % de résultats discordants dans un sens ou dans l’autre. Plusieurs explications sont alors évoquées, dont les difficultés à réaliser avec succès des prélèvements rhinopharyngés ou des prélèvements décalés dans le temps.

Le prélèvement rhinopharyngé reste la technique de référence pour le diagnostic de Covid-19.

Toutefois, considérant l’intérêt des études épidémiologiques pour surveiller la circulation du SARS-CoV-2 afin de réagir vite et bien devant la menace d’une seconde vague, l’Académie nationale de médecine recommande de :

– procéder à une étude comparative des deux modes de prélèvements (rhinopharyngé versus salive ou crachat) effectués le même jour, en suivant un protocole précis pour les prélèvements de salive et de crachats, et l’analyse des échantillons (extraction des ARN, RT-qPCR sur une seule plateforme), complétée si possible par un test sérologique ;

– procéder dès à présent à une étude épidémiologique limitée à deux départements des deux régions les plus impactées par l’épidémie (Île-de-France et Grand- Est) ;

– modéliser, sur les résultats préliminaires obtenus dans ces deux départements, une étude épidémiologique sur l’ensemble du territoire avec une courte périodicité pour être en mesure de répondre immédiatement à une éventuelle reprise épidémique.

Académie de Médecine