Swift présente la méthode la plus rapide pour la préparation de bibliothèques en vue du séquençage unicellulaire par méthylation à haut rendement

Une étude parue dans la revue Science montre comment les marqueurs épigénétiques permettent d'identifier les sous-types de cellules et les éléments de régulation à la base de la diversité cellulaire

ANN ARBOR, Michigan, 11 août 2017 /PRNewswire/ -- Aujourd'hui, Swift Biosciences, un grand fournisseur de solutions innovantes de préparation de bibliothèque pour le séquençage de la prochaine génération (NGS), a annoncé le lancement d'une nouvelle méthode de séquençage unicellulaire par méthylation fondée sur sa technologie Accel-NGS® Adaptase™, une solution de préparation NGS efficace et robuste pour le séquençage bisulfite de génomes entiers avec une résolution unicellulaire. Cette nouvelle méthode permet d'analyser efficacement les différentes régions méthylées sur des milliers de cellules provenant de tissus hétérogènes, tout en réglant des applications, comme la classification cellulaire, la régulation de mécanismes cellulaires dans les tissus normaux, les altérations épigénétiques en cas de maladies et la conservation évolutive de la régulation épigénomique.

La méthylation est un biomarqueur stable qui permet d'identifier les types de cellules et les éléments de régulation à la base de la fonction cellulaire. Associée à des études d'expression de l'ARN à cellule unique, la méthylation unicellulaire permet d'élucider les éléments de régulation, et donc de contrôler les profils d'expression unique des cellules individuelles et les différences entre les cellules. En outre, des études cliniques récentes ont fait apparaître des modèles de méthylation dans des maladies — comme le cancer — qui permettent d'identifier le type de tumeur, d'évaluer la charge tumorale dans des biopsies liquides, et de faire des corrélations avec la progression de la maladie, le pronostic et la réaction aux médicaments.

Cette méthode a récemment été décrite dans la revue Science, dans un article intitulé « Single Cell Methylomes Identify Neuronal Subtypes and Regulatory Elements in Mammalian Cortex » (Les méthylomes unicellulaires permettent d'identifier les sous-types neuronaux et les éléments de régulation dans le cortex cérébral du mammifère) écrit par des collaborateurs du Salk Institute, de l'Université de Californie à San Diego et de Swift Biosciences. Le flux de tâches a fait intervenir un isolement à base de tri par cytofluorométrie, un traitement au bisulfite et l'utilisation du module Accel-NGS Adaptase de Swift avec d'autres composants disponibles dans le commerce. Les résultats publiés ont fait apparaître une augmentation de plus du double des taux de mappage de lecture par rapport à d'autres méthodes ; ce qui a amélioré sensiblement le rendement de données par séquençage tout en réduisant les coûts globaux.

« C'est l'une des multiples collaborations scientifiques dans lesquelles les technologies de Swift repoussent les frontières de la science », explique Timothy Harkins, PDG de Swift Biosciences et co-auteur de l'article en question. « Nous nous réjouissons des nouvelles connaissances sur les processus cellulaires élémentaires, et de l'impact profond qu'elles auront à l'avenir sur la médecine de précision. »

« Notre technologie exclusive Adaptase permet d'élaborer des bibliothèques NGS très complexes à partir d'ADN simple brin à faible intrant », ajoute Laurie Kurihara, PhD, directrice de recherche et de développement et co-auteure de l'article. « Notre flux de tâches unicellulaire compte moins d'étapes que les autres méthodes, et il permet un traitement unicellulaire multiplexé afin d'offrir une plus grande productivité pour des applications à haut rendement. »

Le module Accel-NGS Adaptase est d'ores et déjà proposé à la vente.