Covid-19 : Après 6 mois de tergiversation, la HAS simplifie enfin l’usage des tests salivaires et encourage le « pooling »

Dans un communiqué du 11 février, la HAS a étendu l’utilisation des tests RT-PCR sur prélèvement salivaire à deux nouvelles indications : en première intention dans les tests itératifs à grande échelle ainsi qu’en seconde intention chez les cas contact pour qui un prélèvement nasopharyngé n’est pas envisageable. Pour la première fois, la HAS recommande également d’explorer la mise en œuvre de tests « poolés » afin d’éviter l’engorgement des laboratoires d’analyse. Des décisions réclamées depuis des mois par certains médecins et qui arrivent bien trop tard pour l’UFML-S qui demande ni plus ni moins que la dissolution de la HAS, « une structure couteuse, lente et déconnectée des réalités du terrain ».

Une sensibilité inférieure et des résultats hétérogènes

Dans son avis du 22 janvier, la HAS a établi la bonne sensibilité des tests RT-CPR sur prélèvement salivaire, à partir d’une méta-analyse menée sur les publications scientifiques les plus récentes au niveau national et international. La sensibilité de ces tests est ainsi estimée à 85 %, ce qui est légèrement inférieur (3 % à 11 %) à celle des tests RT-PCR sur prélèvement nasopharyngé, mais reste supérieur aux seuils fixés par la HAS pour valider les tests.

Dans son avis, la HAS souligne que si les résultats de la méta-analyse valident l’intérêt potentiel du recours au test RT-PCR sur prélèvement salivaire même en l’absence de symptômes, notamment dans des situations nécessitant des tests itératifs, ils n’en demeurent pas moins très hétérogènes, notamment en raison des variabilités du prélèvement salivaire et des kits RT-PCR vis-à-vis de cette matrice.

Des modalités techniques à respecter

C’est pourquoi la HAS a tenu à préciser les modalités techniques à même de fournir des résultats optimaux :

• Le prélèvement salivaire peut être réalisé de manière assistée ou en autoprélèvement au laboratoire de biologie médicale, au domicile ou sur un site de dépistage. S’il est difficile pour le patient de cracher (par exemple pour les très jeunes enfants), la salive peut être prélevée sous la langue à l’aide d’une pipette.
• Le prélèvement doit être réalisé 30 minutes après la dernière prise de boisson, d’aliment, de cigarette/e-cigarette, d’un brossage des dents ou d’un rinçage bucco-dentaire. Et l’échantillon recueilli doit être conservé dans un flacon sec et stérile à température ambiante.
• En cas d’autoprélèvement, il est indispensable que le patient ait reçu une information claire sur les conditions de sa réalisation — et au besoin de sa conservation. Un matériel adapté doit alors être fourni sur le lieu de dépistage ou par le laboratoire de ville.
• L’échantillon de salive recueillie dans les conditions ci-dessus doit ensuite être analysé dans les 24 h. Il n’est pas recommandé de faire un prétraitement, sauf si la salive est visqueuse ou si la notice du kit le précise explicitement.

Enfin, la HAS recommande que ne soient utilisés que ceux qui comportent au moins deux cibles moléculaires et ayant une sensibilité minimale de 80 % sur le prélèvement salivaire.

Le « pooling » enfin encouragé

Pour faire face à la demande générée par les dépistages itératifs ciblés à grande échelle et éviter l’engorgement des laboratoires d’analyses médicales, la HAS recommande d’explorer la mise en œuvre de tests poolés dans la continuité de l’avis favorable du Haut conseil de la santé publique du 17 décembre 2020 et actualisé en janvier.

Moins invasifs, mieux acceptés, sans douleurs et particulièrement adaptés à la mise en commun des échantillons, les prélèvements salivaires permettent d’envisager la pratique de tests répétés de façon quotidienne ou hebdomadaire sur des populations ciblées. Si un test de prélèvement mis en commun se révèle positif, les prélèvements individuels doivent alors être testés séparément afin de pouvoir identifier et isoler les cas positifs.

Cette pratique était jusqu’à présent proscrite par la HAS qui n’avait pas autorisé l’usage des tests salivaires sur les personnes asymptomatiques.

Pourtant cela fait plus de 6 mois que le pooling est largement pratiqué pour le dépistage de la Covid-19 dans certains pays. Aux États-Unis par exemple, la FDA a accordé le 20 août une autorisation d’utilisation d’urgence au test SalivaDirect. Ces tests sont aujourd’hui utilisés dans 91 laboratoires répartis dans 33 États américains. Toutes les équipes de basket de NBA sont ainsi testées quotidiennement.

Sur le campus de l’université de l’Illinois, depuis juillet 2020, 40 000 personnes sont testées chaque semaine pour un total de 1,2 million de prélèvements réalisés. Résultats le taux de positivités des tests est passé de 2,86 % en août 2020 à 0,26 aujourd’hui et les cours en présentiel ont été maintenus

Les résultats de cette étude ont été publiés et mis à l’honneur dans la revue cell, le 12 février. Ils montrent une bonne sensibilité et une spécificité élevée.

Pour Paul Hergenrother , un des auteurs de l’étude « l’efficacité du dépistage préventif massif grâce aux tests RT-PCR par prélèvement salivaire n’est plus à prouver ». Grâce à ces tests, aucun élève du campus n’aurait propagé le virus au-delà du campus selon lui.

Une vingtaine de Campus ont depuis emboité le pas à celui de l’Illinois.

Au Japon aussi, l’utilisation des tests salivaires s’est largement répandue dans les établissements de santé pour tester les patients et le personnel, mais aussi dans les équipes de football et de baseball professionnelles. Cette pratique est fondée sur les résultats d’une étude publiée dans le Clinical Infectious Diseases le 25 septembre 2020 qui établit la spécificité à plus de 99,9 % et une sensitivité de 92 %, supérieure à celle des tests PCR sur prélèvement nasopharyngé (86 %).

De son côté après avoir expérimenté avec succès l’utilisation du pooling salivaire sur 30 000 étudiants à Liège, la Belgique s’apprête à généraliser son utilisation à l’ensemble des écoles dans les jours qui viennent. Un kit d’autoprélèvement a même été développé par l’université, qui même s’il se révèle moins sensible (60 %) a l’avantage d’éviter tout risque de contamination pour le personnel médical. Fabrice Bureau qui a mis au point ce kit précise pour le site Industrie Techno que le plus important au-delà de la sensibilité du test en lui-même est le nombre de cas positif qu’il permet de détecter.

« Pour convaincre les autorités de l’université de Liège, j’ai exposé le calcul suivant : supposons que l’incidence de la maladie soit de 1 %. Nous sommes 30 000 personnes, ce qui signifie qu’il y aurait 300 cas positifs — il faut donc les trouver. N’utiliser que les écouvillons nasopharyngés pour tester 30 000 personnes localement en une semaine, vous pouvez demander à n’importe quel médecin, c’est impossible. Admettons que, par miracle, on arrive à tester 10 000 personnes. Puisque l’incidence est de 1 % et que la sensibilité du test nasopharyngé est de 80 %, on pourra trouver 80 personnes positives. En revanche, si on met en œuvre des tests salivaires, avec une sensibilité de 60 %, sur les 30 000 personnes, on pourra trouver 180 personnes positives. C’est mieux ! »

6 mois de tergiversation concernant le test salivaire en France

En France, une entreprise montpelliéraine, Skill Cell a mis sur le marché un test de dépistage salivaire au mois de Juin 2020, EasyCov, qui a rapidement obtenu son marquage CE. En dépit de cette homologation, ce test a fait l'objet d'une obstruction permanente de la part de la HAS, selon le syndicat UFML-S qui détaille sa position dans un communiqué publié le 4 février.

Si en septembre 2020, la HAS autorise son utilisation et son remboursement, il la limite aux seuls sujets symptomatiques en raison d’une faible performance sur les patients sans symptômes évocateurs.

Le 28 novembre son indication est élargie aux patients pour lesquels le prélèvement nasopharyngé est impossible ou difficilement réalisable tout en obligeant à réaliser un test RT-PCR pour confirmer les résultats en cas de positivité.

« La HAS a reconnu sa bonne sensibilité clinique (capacité de ce test à détecter une infection présente), mais juge insuffisante sa spécificité clinique (capacité à être réellement négatif quand une infection est absente). Celle d’EasyCov n’est que de 92 % alors la HAS exige une spécificité de 99 %. »

Cette confirmation obligatoire est supprimée le 23 janvier sur la base des résultats d’une méta-analyse incluant 64 essais qui regroupent 18 931 patients

« Enfin ce 4 février la HAS autorise l’utilisation des tests salivaires Easycov pour les patients
symptomatiques, mais conditionne leur remboursement à leur effectivité par des laboratoires de biologie. 

Il est à noter que depuis la première décision de la HAS le test Easy Cov est toujours le même… La Haute Autorité de santé se dédit à chaque nouvelle décision et signe sa responsabilité dans la lenteur à mettre en œuvre la solution test salivaire. »

L’UFML demande la dissolution de l'HAS

L’UFML-S dénonce « une obstruction permanente » d’autant plus lourde de conséquences que la campagne de vaccination ne cesse d’être ralentie par le manque de doses. Pour le syndicat présidé par le Dr Marty la coupe est pleine.

« Après les retards d’homologation des laboratoires départementaux, le silence sur la voie de contamination par aérosol, la HAS montre, une fois de plus, son incapacité à jouer son rôle de facilitateur dans la course contre la montre dans laquelle nous sommes tous engagés »

« Pour l’UFMLS c’est la preuve ultime de l’inutilité de la HAS. Nous demandons la suppression de cette structure couteuse, lente et déconnectée des réalités du terrain. »