La séquence du génome du virus du SRAS est disponible sur le web

La revue Science vient de publier les premières études sur l’analyse des séquences génomiques de deux souches du virus de la pneumonie atypique. Elles confirment que le virus appartient à la famille des coronavirus. Le virus du SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) serait une nouvelle classe de coronavirus et ne semble pas résulter de la mutation d’un virus connu.

Ces études ont été publiées hier sur le site Internet de la revue Science et sont disponibles gratuitement. D’une façon générale, ces travaux confirment que le virus est bien un coronavirus. De premières informations sur les composantes du virus devraient également accélérer le développement d’outils diagnostiques et thérapeutiques. Ces recherches sont le résultat d’une collaboration entre des équipes canadiennes et américaines.

« Les deux équipes de recherche ont produit ces séquences génomiques très rapidement et de façon très efficace, faisant preuve d'une coopération impressionnante entre les divers groupes », commente à ce sujet Don Kennedy, rédacteur en chef de Science.

« Puisque cette information est de première importance pour la santé publique, la revue Science la met immédiatement à disposition à la suite d'un examen important et accéléré effectué par les pairs » poursuit Kennedy.

Dans un premier temps, l’équipe canadienne a séquencé le génome d’un virus isolé sur un patient de Toronto. Une équipe basée aux Etats-Unis a ensuite séquencé la souche ‘d’Urbani’ qui avait été liée à la forme pulmonaire de la maladie par des chercheurs néerlandais. Les deux séquences nucléiques disponibles sur Internet se ressemblent beaucoup mais présentent une différence dans leur longueur.

La structure globale du génome du SRAS est très similaire à celles des trois classes de coronavirus déjà décrites. Cependant, des différences marquées ont été identifiées dans la séquence d’acides aminés des protéines individuelles. Selon un examen statistique de ces variations, le virus du SRAS n’est pas la conséquence d’une mutation d’un virus connu mais il définit une nouvelle classe de coronavirus.

Des gènes codant vraisemblablement pour quatre protéines essentielles à l’infection et la réplication du virus ont été mises en évidence. D’autres gènes coderaient pour des protéines « non essentielles » mais qui pourraient fournir des informations sur l’origine du virus.

Source : Science. www.sciencemag.org