Des chercheurs italiens identifient de nouvelles variantes génétiques du SARS-CoV-2 qui fournissent des indices sur l'épidémiologie du coronavirus

Les scientifiques indiquent que les premières données, générées avec le nouveau panel de recherche NGS de Thermo Fisher Scientific, suggèrent que le coronavirus est génétiquement stable, et pourrait augmenter l'efficacité des vaccins en cours de développement  

CARLSBAD, Californie, 25 mars 2020/PRNewswire/-- Deux équipes de chercheurs sur les maladies infectieuses en Italie déclarent avoir analysé plus en détail le génome du SRAS-CoV-2 à partir d’échantillons acquis localement et généré des données précoces qui révèlent un niveau de variabilité génétique suggérant que le génome du virus à propagation rapide est stable. Les résultats, développés à l’aide d’un nouveau test de recherche de séquençage de nouvelle génération (next-generation sequencing (NGS)) de Thermo Fisher Scientific, augmentent la probabilité que les futurs vaccins contre les coronavirus puissent avoir un taux d’efficacité plus élevé et pourraient aider la communauté scientifique mondiale à mieux comprendre l’épidémiologie et la propagation de COVID-19. 

Les deux équipes de recherche indépendante de l’Institut national des maladies infectieuses « Lazzaro Spallanzani » (IRCCS) à Rome et de la Division médico-légale du Département des sciences biomédicales et de la santé publique (DSMSP) de l’hôpital universitaire d’Ancône, ont séquencé de multiples échantillons et identifié la présence de variantes génétiques par rapport au génome de référence original du coronavirus de Wuhan. Les virus qui mutent rapidement sur de courtes périodes rendent difficile le développement de vaccins efficaces qui protègent les gens contre l’infection. Le faible nombre de variantes découvertes dans les échantillons italiens deux mois après le premier séquençage du virus en Chine suggère que le SRAS-CoV-2, qui a infecté plus de 64 000 personnes en Italie et 380 000 dans le monde, est un pathogène à mutation relativement lente. Les deux équipes italiennes ont effectué le travail de séquençage à l’aide du nouveau  Ion AmpliSeq SARS-COV-2 Research Panel  de Thermo Fisher, qui offre un flux de travail de bout en bout de 24 heures. 

« La capacité à traiter très rapidement de multiples échantillons et à déchiffrer avec précision les changements clés dans le code génétique du virus sera cruciale pour permettre à la communauté scientifique mondiale de garder une longueur d'avance sur le SRAS-CoV-2 et de développer des stratégies contre lui qui, au final, peuvent être exploitées pour contribuer à résoudre la pandémie », a déclaré la Dr Maria Rosaria Capobianchi, cheffe du département de virologie à l'Institut national des maladies infectieuses Lazzaro Spallanzani, qui a été le premier centre de recherche en Europe à générer des données de séquençage du génome entier du coronavirus sur la plateforme Ion Torrent NGS de Thermo Fisher. « Les génomes viraux sont dynamiques et ces données préliminaires nécessitent d'autres analyses pour déterminer la signification biologique des variantes génétiques et étudier la trajectoire évolutive du coronavirus. » 

Le professeur Stefano Menzo, chef du service de virologie à l'hôpital universitaire d'Ancône, a déclaré pour sa part : « Si nous avions étudié d'autres virus, nous aurions pu nous attendre à des dizaines de nouvelles mutations après tant de cycles infectieux chez les patients. Nos données initiales montrent qu'il s'agit d'un virus à ARN très stable, avec seulement cinq nouvelles variantes. Un virus dont le génome est stable est une bonne nouvelle pour le développement de vaccins, car il indique que l'efficacité des vaccins pourrait être plus constante, potentiellement sur plusieurs années. » 

Les scientifiques comptent désormais d'analyser les données plus en détail à l'aide de la nouvelle solution d'analyse Ion SARS-CoV-2 de Thermo Fisher* pour l'annotation des variantes et l'assemblage de séquençage de consensus afin de mieux comprendre l'impact sur la gravité de la maladie, le mode de transmission et les études phylogénétiques. Le panel de recherche Ion AmpliSeq SARS-COV-2 est une solution NGS ciblée qui analyse l'ensemble du génome du SARS-CoV-2. Il fournit un flux de travail de bout en bout efficace et à haut débit pour surveiller l'évolution génomique, ce qui est crucial pendant une pandémie en évolution rapide. Le panel est optimisé pour fonctionner sur les systèmes Ion GeneStudio S5.*

L'optimisation des panels pour le système Genexus est en cours  
Dans le but d'accélérer l'analyse NGS du SARS-CoV-2 et de répondre à la demande croissante des clients, Thermo Fisher a commencé à optimiser le panel de recherche Ion AmpliSeq SARS-COV-2 pour le système Ion Torrent Genexus. * Lancée en novembre 2019, la toute nouvelle plateforme de séquençage de la société automatise l'ensemble du flux de travail NGS ciblé et peut fournir des échantillons et produire des rapports économiques dans un délai de 14 heures. L'optimisation et la validation du panel de recherche sur le système Genexus sont en cours en collaboration avec des clients de Thermo Fisher. 

« La réponse immédiate de Thermo Fisher qui était de développer d'abord un test diagnostique** PCR SARS-CoV-2 et maintenant une solution de recherche de séquençage de nouvelle génération pour aider les clients à enquêter sur le coronavirus est au cœur de notre mission », a déclaré Peter Silvester, vice-président directeur et président des Solutions de science de la vie chez Thermo Fisher Scientific. « Nous partageons l'inquiétude croissante de la communauté mondiale durant cette crise de santé publique sans précédent et, pour cette raison, nous continuons de maximiser nos efforts pour fournir à nos partenaires de laboratoire, aux chercheurs en maladies infectieuses et aux développeurs de vaccins les outils les plus avancés pour soutenir leurs très importants travaux. » 

À propos de Thermo Fisher Scientific  
Thermo Fisher Scientific Inc. est le leader mondial au service de la science dont le chiffre d'affaires annuel dépasse 25 milliards USD. Notre mission est de permettre à nos clients de rendre le monde plus sain, plus propre et plus sûr. Que nos clients accélèrent la recherche en sciences de la vie, résolvent des défis analytiques complexes, améliorent les diagnostics et les thérapies des patients ou augmentent la productivité dans leurs laboratoires, nous sommes là pour les soutenir. Notre équipe mondiale de plus de 75 000 collaborateurs fournit une combinaison inégalée de technologies innovantes, de facilité d'achat et de services pharmaceutiques par le biais de nos marques leaders du secteur, Thermo Scientific, Applied Biosystems, Invitrogen, Fisher Scientific, Unity Lab Services et Patheon. Pour en savoir plus, rendez-vous sur www.thermofisher.com. 

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