La recherche in-silico contre l'anthrax avance… vite !

Un programme de sélection de molécules susceptibles d'être utilisées contre l'anthrax vient d'être accompli en quatre semaines, un temps record selon les chercheurs. Basé sur le calcul partagé, ce programme est utilisé comme économiseur d'écran par des ordinateurs personnels et il a permis de cribler 3,57 milliards de molécules pour retenir 300.000 candidats.

Ce projet a été initié suite aux cas de maladie du charbon observés aux Etats Unis après les attentats du 11 septembre. Il a impliqué directement le département de chimie de l'Université d'Oxford, United Devices, Intel, Microsoft et la Fondation nationale américaine pour la recherche contre le cancer.

L'objectif était de sélectionner des molécules qui pourraient inhiber l'entrée de la toxine de l'anthrax dans les cellules de l'hôte. Ceci a été rendu possible grâce à un outil de calcul partagé déjà utilisé pour cribler une série de 3,57 milliards de molécules qui pourraient avoir une activité anticancéreuse. Le terme in-silico fait référence au silicium utilisé dans les microprocesseurs. La bio-informatique occupe désormais une place majeure dans la recherche biomédicale jusqu'il y a peu dominée par l'in vivo et l'in vitro.

Cette même banque de données a été à nouveau balayée pour identifier les molécules qui auraient un intérêt dans l'inhibition de l'entrée de la toxine de l'anthrax.

La fin de cette phase de criblage a été annoncée le 19 février, soit quatre semaines après la mise en route effective du programme de calcul partagé. Selon le professeur Graham Richards (Département de Chimie de l'Université d'Oxford), ces résultats sont "sans précédent". "Si nous l'avions fait par des méthodes traditionnelles, cela aurait pris des années au lieu de moins de quatre semaines", a-t-il commenté.

Les résultats préliminaires indiquent que le nombre de candidats a considérablement diminué puisque 300.000 molécules ont été retenues. Bien entendu, ces travaux ne constituent qu'une première étape vers le développement d'un traitement.

Les programmes de calcul partagé par Internet rencontrent un très large succès. A ce sujet, on peut rappeler l'initiative de l'AFM (Association Française de lutte contre les Myopathies), IBM et Génomining qui ont mis en place pour cela le projet Décrypthon. L'idée est de rassembler le plus grand nombre d'ordinateurs personnels autour d'une plate-forme de calcul distribué afin d'accélérer la cartographie du protéome et la classification et comparaison de 500.000 protéines (voir dépêche de Caducee.net).

Source : Université d'Oxford