Des différences fonctionnelles rapportées entre les séquences promotrices LTR des différents sous-types du VIH-1

De nouvelles données de biologie moléculaire portant sur les séquences génétiques des LTR (long terminal repeats) du VIH-1 suggèrent qu’il pourrait y avoir de considérables différences entre les sous-types de VIH-1. Le groupe de Ben Berkhout du Département de rétrovirologie humaine (Academic Center, University of Amsterdam, Pays-Bas) rapportent en effet dans le numéro du mensuel américain ‘Journal of Virology’, daté d’avril 2000, avoir observé des différences fonctionnelles entre les promoteurs de transcription que sont les LTR des sous-type A à G du virus du sida. Cette étude montre l’importance d’étudier plus en détail les facteurs génétiques viraux qui peuvent sous-tendre peut-être certaines différences biologiques entre les sous-types du VIH-1.

Comme on le sait, le LTR du VIH-1 code le promoteur transcriptionnel. Les LTR des sous-types A à G ont été clonés et analysés pour savoir s’il existe des différences spécifiques de sous-type dans l’expression des gènes viraux. L’analyse de séquence a démontré une configuration unique LTR-enhancer-promoter pour chaque sous-type.

Les expériences ont montré que tous les LTR des sous-types sont des promoteurs fonctionnels avec un bas niveau d’activité basale transcriptionnelle et une forte activité en présence de la protéine virale transactivatrice Tat.

Tous les LTR des sous-types ont répondu de la même façon à la protéine Tat du sous-type B, un résultat qui suggère « qu’il n’existe pas de différences majeures dans le mécanisme de l’activation médiée par Tat parmi les sous-types ».

Les auteurs ont cependant montré que des différences spécifiques de sous-type dans l’activité basale du promoteur LTR dans différents types cellulaires. Ils ont de plus enregistré une réponse différentielle au traitement par le TNF alpha.

Ils précisent que le niveau d’induction était corrélé avec le nombre de sites NF-kappaB dans les LTR respectifs, qui varie entre 1 (sous-type E) et 3 (sous-type C).

Dans leur ensemble, les résultats montrent que le sous-type E présente le plus puissant LTR. Ce dernier a ainsi été introduit dans les ‘core promote elements’ du sous-type E dans le clone moléculaire infectieux de l’isolat LAI (sous-type B).

Ce virus recombinant LAI-E présentait, dans la lignée cellulaire T SupT1, un très grand avantage réplicatif comparé au virus originel LAI, ce qui indique que de subtiles différences dans le promoteur LTR peuvent avoir un impact significatif sur la cinétique de la réplication virale.

Source : Journal of Virology, April 2000, vol.74, N°8, 3740-51.