Le VIH s’intègre principalement près de gènes activés par la cellule

Une équipe de chercheurs californiens dont les résultats font la couverture du journal Cell publient une sorte de carte génomique des sites préférentiels d’intégration de l’ADN proviral de VIH-1. De manière surprenante, l’intégration est loin d’être aléatoire, et elle se situe souvent au niveau de gènes qui sont activement transcrits par la cellule.

«Le VIH semble ne pas cibler seulement les gènes, mais ceux étant actifs dans la cellule», a commenté Frederic Bushman qui a dirigé les travaux et explique ainsi la stratégie adoptée au fil de l’évolution par le virus pour se répliquer le plus efficacement possible au sein des cellules.

Les auteurs se sont servis de la toute récente publication du génome humain pour séquencer l’ADN de cellules infectées par le VIH et identifier les régions et les gènes dans lesquels s’était intégré le génome viral. Puis à l’aide de la technologie des puces à ADN, les chercheurs ont déterminé si les gènes où s’était inséré l’ADN viral étaient actifs ou non dans la cellule hôte.

Il a ainsi été identifié 524 sites d’intégration du cDNA proviral dont une proportion importante s’est réalisée dans des gènes. L’analyse transcriptionnelle de ces gènes a montré que les gènes activés dans la cellule étaient les principales cibles du virus, notamment les gènes stimulés par VIH-1 lui même après l’infection. Un site de forte intégration a également été mis en évidence dans une région couvrant 2,4 kb et contenant 1% des sites d’intégration.

Ces découvertes remettent en cause le principe de l’intégration virale au hasard et montrent selon les auteurs comment le VIH a adopté une stratégie de réplication agressive, en intégrant son ADN près de gènes actifs.

Source: Cell 27 août 2002;110:521-9

PI