Mise en évidence de l’interaction moléculaire entre le ribosome et des antibiotiques

Une étude germano israélienne publiée aujourd’hui dans la revue Nature montre par des expériences de cristallographie comment cinq antibiotiques se lient au ribosome bactérien. La liaison se fait au niveau de l’ARN ribosomal et n’implique aucune des protéines du ribosome.

Les ribosomes sont le site de synthèse des protéines cellulaires et constituent une cible privilégiée de certains antibiotiques qui en bloquant leur activité provoquent la mort de la bactérie.

Afin d’élucider le mécanisme intime existant entre ces antibiotiques et le ribosome, les chercheurs ont étudié par diffraction aux rayons X les interactions entre la sous unité 50S du ribosome de la bactérie Deinococcus radiodurans et cinq antibiotiques : le chloramphénicol, la clindamycine, l’érythromycine, la clarithromycine et la roxithromycine.

Les résultats ont montré que les sites de liaison de ces cinq antibiotiques se situaient au niveau de l’ARN 23S du ribosome, dans la cavité de la peptidyl transférase.

Aucune protéine du ribosome ne se trouve impliquée dans ces contacts. Les résultats ont également permis de s’apercevoir que les ions magnésium étaient importants pour la fixation de certains antibiotiques comme le chloramphénicol.

Une meilleure compréhension des modes d’action des antibiotiques devrait améliorer les stratégies de traitement avec les molécules existantes et permettre de mieux cibler leur action au niveau des ribosomes.

Source : Nature 2001 ;413 :814-21.