Un 'concours' du meilleur logiciel d'analyse de séquences d'ADN à l'Université de Californie

Plusieurs équipes de recherche internationales viennent de comparer l'efficacité de leurs programmes d'analyse des séquences d'ADN. Depuis que le séquençage exhaustif d'un génome ne constitue plus un obstacle technique, le dernier enjeu reste le déchiffrement de ces séquences. Douze groupes ont comparé l'efficacité de leurs programmes de prédiction en analysant une séquence de 3 millions de paire de bases du génome de la Drosophile.

Cette rencontre a été organisée par une équipe de l'Université de Californie et les résultats de ces travaux ont été publiés dans Genome Research.

Les résultats des programmes de prédiction évalués ont été comparés à ceux d'une recherche expérimentale exhaustive. Le but initial était la localisation et l'identification de gènes dans une séquence de 3 millions de paires de bases issues du génome de Drosophilia melanogaster.

Par rapport aux résultats expérimentaux, les programmes de prédiction ont présenté une précision de 95 % pour la détection des gènes. De plus, ces programmes ont suggéré la présence de gènes qui n'avaient pas été identifiés par la recherche expérimentale : la vérification de prédictions est en cours.

Néanmoins, les programmes informatiques se sont révélés moins précis dans la détection des frontières des gènes. Certaines équipes ont également recherché les sites promoteurs de ces gènes mais cette démarche s'est soldée par un grand nombre de fausses prédictions.

Toutefois, l'informatique restera un outil essentiel pour l'analyse de ces séquences. Le génome humain devrait être décrypté d'ici la fin de l'année selon les prévisions les plus optimistes. La clé du déchiffrement de l'ADN réside désormais dans l'efficacité des logiciels d'analyse utilisés. Ces programmes étant basés sur notre connaissance actuelle de la structure des génomes, leur efficacité devrait être continuellement améliorée au fil des découvertes dans ce domaine. Ces prédictions informatiques devront évidemment être confirmées par un travail expérimental.

Source : Communiqué de presse du Cold Spring Harbor Laboratory