Séquençage du génome humain: lorsque le privé a besoin du public

Dans l’histoire de la course au génome, qui a vu s’affronter récemment par publications interposées, la société Celera Genomics au projet international ‘Génome humain’ (lire dépêche Caducée), des chercheurs du consortium de recherche publique affirment dans les comptes rendus de l’académie des sciences américaine, que la compagnie privée est dépendante des données publiées par le consortium publique, pour confirmer ses résultats.

Deux récentes publications parues dans Nature et Science utilisant deux approches différentes, montrent pour chacune d’elles la séquence du génome humain décryptée à environ 90%. Le consortium international (HGP pour Human Genome Project) a utilisé une approche hiérarchisée dite du ‘shotgun’ (coup de fusil ciblé) tandis que le groupe privé a adopté la méthode appelée ‘whole genome shotgun’ (WGS)(tir dispersé).

Robert Waterson et al (Cambridge, EU) reprochent à Celera Genomics de ne pas pouvoir vérifier ses résultats de ‘recollage’ des différents morceaux du génome qu’ils ont séquencés au hasard, à partir de données autres que celles du consortium.

Les auteurs ont dans leur étude réalisé une analyse informatique et montré que pour établir la séquence entière du génome à l’aide de recouvrements des différents morceaux séquencés isolément, il faut recourir aux informations fournies par le biais de séquences clonées et cartographiées par le HGP.

Selon eux, Celera Genomics ne fournit pas de tests permettant d’apporter une preuve que leur approche de séquençage est valable, ni que leur séquençage est réalisé de façon indépendante.

En d’autres termes, les auteurs doutent de l’approche méthodologique de la firme pour élaborer, de façon indépendante, des séquences entières de génomes importants de mammifères.

Source : Proc Natl Acad Sci 5 mars 2002;publication électronique avancée www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.042692499

PI